Sebagai sarana peserta didik belajar berorganisasi, MTs. Ihyaul Ulum Dukun Gresik membentuk Pengurus Komisariat (PK) IPNU-IPPNU.
IPNU (Ikatan Pelajar Nahdlatul Ulama) dan IPPNU (Ikatan Pelajar Putri Nahdlatul Ulama) adalah organisasi pelajar yang memiliki peran penting dalam membentuk karakter, pengetahuan, dan keterampilan para pelajar yang berbasis pada nilai-nilai Islam dan kebangsaan.
Berikut adalah tujuan dan fungsi dari IPNU dan IPPNU:
Tujuan IPNU:
IPNU bertujuan untuk membentuk pelajar bangsa yang:
Tujuan IPPNU:
IPPNU bertujuan untuk mencapai kesempurnaan kepribadian bagi pelajar putri Indonesia. Tujuan ini melibatkan:
Untuk mencapai tujuan tersebut, Pengurus Komisariat (PK) IPNU dan IPPNU MTs. Ihyaul Ulum Dukun Gresik melaksanakan berbagai usaha, termasuk menghimpun dan membina peserta didik, mempersiapkan kader-kader pemimpin, mengusahakan tercapainya tujuan organisasi, dan mengembangkan sumber daya peserta didik.